咖啡果实富含脂类、蛋白质、淀粉及其他糖类、芳香物质和氨基酸等多种有机成分。
经过系列深加工的咖啡，咖啡豆中的蔗糖、绿原酸、蛋白质、葫芦马巴碱等物质通过美拉德反应，产生的600多种挥发性芳香成分，包括含氧、含量氮、含量硫的杂环化合物，通过热解和合成反应产生的焦化糖、碳水化合物、酸及同系物、酮、糠醛、脂、脂肪酸、胺、二氧化碳等，以及咖啡豆脂肪、糖类、胺类、酸类、生物碱等物质通过热分解与热合成反应及次生反应所产生的众多物质，构成咖啡特有的风味。
因此经深加工处理的咖啡，除做饮料外，还可用于制作糖果、果脯、冰淇淋、果冻及提取咖啡碱、食用咖啡油等。咖啡碱在医药上可做麻醉剂、兴奋剂、利尿剂和强心剂。
咖啡果肉含有糖分、果胶，鲜果肉可用来制造酒精、醋和提取果胶、蛋白质、咖啡因等，还可发酵后制沼气；内果皮可用来生产糖醛。
咖啡干果肉含粗蛋白、组纤维、灰分及各种氨基酸，可做饮料；干果壳可做肥料、炭、燃料，也可做硬纤维板等；咖啡花可提取高级香料；咖啡果中的单宁可制作鞣料。
咖啡无论在食品业，还是在医药用品和化工业上都有广泛用途。